Neben Romanen und Erzählungen schreibt Eckoldt seit 2013 verstärkt Sachbücher, die in mehrere Sprachen übersetzt wurden. Seine Bücher „Eine kurze Geschichte von Gehirn und Geist“ und „Leonardos Erbe - Die Erfindungen da Vincis und was aus ihnen wurde“ nominierte Bild der Wissenschaft für das Wissensbuch des Jahres 2017 beziehungsweise 2019. „Die Intelligenz der Bienen“ (gemeinsam mit dem Neurowissenschaftler Randolf Menzel) stand auf der Longlist für das Wissenschaftsbuch des Jahres 2017 in Österreich. Bei Ullstein erschien sein Buch "Fenster ins Gehirn. Wie unsere Gedanken entstehen und wie man sie lesen kann“ (gemeinsam mit dem Hirnforscher John-Dylan Haynes). Seit 2022 gibt Eckoldt die Reihe update gesellschaft im systemtheoretisch orientierten Carl Auer Verlag heraus, in der Buchessays über brisante gesellschaftliche Umbrüche erscheinen.
Für seine Arbeiten wurde Matthias Eckoldt unter anderem mit dem idw-Preis für Wissenschaftsjournalismus ausgezeichnet. Außerdem erhielt er ein Recherchestipendium des American Council on Germany in New York, ein Aufenthaltsstipendium des Künstlerhauses Lukas in Ahrenshoop sowie den Hauptpreis des Berliner Hörspielfestivals.
Auf Wikipedia findet man ihn unter Matthias Eckoldt